El jugador brasileño llegó a las filas espanyolistas en verano de 2006 con procedente del Flamengo. Sus comienzos no resultaron fáciles ya que en plena adaptación al futbol y a la ciudad, tuvo la fatídica notícia del secuestro de su padre, hecho que provoca su marcha a su país natal para intentar solucionar el problema y el club se vuelca con su caso y recible el apoyo de toda la institución.
Posteriormente y con su padre afortunadamente liberado, el jugador no cuenta mucho para Valverde. Esta situación, más que emocionalmente sigue mal, provocó que justo antes de disputar un partido de UEFA frente al Maccabi Haifa, decide fugarse a Brasil. Esta huída sin dar explicaciones, empeora su situación en el vestuario y en el club, aunque su calidad le hace participar en posteriores partidos, en los que llega a cuajar grandes actuaciones como en el encuentro de vuelta en cuartos de final ante el Benfica.
Pese a su pésima actitud, Valverde le premia en la Final de Glasgow contra el Sevilla y juega a partir de la segunda parte del partido, en una situación complicada, ya que los blanquiazules jugaban con uno menos. Ya en la prórroga y con 2 a 1 en contra, Jonatas a poco para el final consiguió el empate, con la lógica euforia de los pericos, que se veían perderdores de la Final. Con ese gol los blanquiazules lograron la proeza de llegar a los penalties, pero de nuevo los espanyolistas chocan contra la Diosa Fortuna y pierden la Final desde los once metros, donde el propio Jonatas falló una de las penas máximas que propiciaron la derrota del Espanyol.
En la siguiente temporada su situación empeora más cuando el jugador se presentó tarde al primer día de la pretemporada. Esta última circunstancia, sumada a las anteriores y algún que otra falta de disciplina más, el Espanyol decide darle una salida al jugador de nuevo a su anterior equipo al Flamengo, en calidad de cedido.
En su retorno a Brasil y a su equipo de orígen, tampoco ha llegado a cuajar buenas actuaciones y se ha visto relegado en multitud de ocasiones en el banquillo. Jugador con una cabeza para que los psiquiatras trabajen a fondo, pero con enormes capacidades futbolísticas, que en el Espanyol aportó muy en cuentagotas, aunque siempre se le recordará el gol de Glasgow.
PARTIDOS DE LIGA
| JONATAS | PJ | PC | PT | PS | MIN | GOLES |
| 06/07 | 20 | 6 | 16 | 4 | 1.168 | 2 |
| 07/08 | 9 | 0 | 2 | 7 | 264 | 0 |
| TOTAL | 29 | 6 | 18 | 11 | 1.432 | 2 |
PARTIDOS EN EUROPA
| JONATAS | PJ | PC | PT | PS | MIN | GOLES |
| 06/07 | 5 | 0 | 0 | 5 | 95 | 1 |
| TOTAL | 5 | 0 | 0 | 5 | 95 | 1 |
FINALISTA DE LA COPA DE LA UEFA (2007)
Jonatas celebrando su gol de la Final de Glasgow
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